למסננות מולקולריות של זאוליט יש השפעה חזקה של הפרדה על חנקן וחמצן. יש לה מבנה ומאפיינים של גביש, פני השטח שלהן הם שלד מוצק, והחללים הפנימיים יכולים למלא את תפקיד הספיחה של מולקולות. ישנן נקבוביות המחוברות זו לזו בין החללים, ומולקולות עוברות דרכן. בשל אופיין הנקי של הנקבוביות, פיזור גודל הנקבוביות של המסננת המולקולרית אחיד מאוד. מסננות מולקולריות סופחות מולקולות באופן סלקטיבי בהתבסס על גודל הנקבוביות בתוך הגבישים שלהן, כלומר, סופגות מולקולות בגודל מסוים תוך דחיית מולקולות של חומרים גדולים יותר.